蒼希 望（そうき のぞむ）
『スーパードードー大戦』の主人公。ススキが原在住。両親がアインスト国に海外赴任しているため、現在、一人暮らしである(この設定は「小学生」の場合でも変わらない)。
ある日、所用でススキが原から出て、数時間後に帰ってきたら町は時空マフィア「クロウ」とT−SWATの戦いに巻き込まれ、新人類アギトの一種であるブルーウイッシュに変身する能力に目覚めた。それからドラえもん達と出会い、なし崩し的に「悪の組織」との戦いに身を投じていった。
行動するより先に考えるタイプで、冷徹に見られることもあるが、仲間の危機をいかに手助けするかを真剣に考えて行動に移す傾向にある。それ故、仲間たちの信頼を集め、重大な選択事を相談されることもある。また、「人は生き方を自分の意思で決める権利がある」という考えの持ち主であり、信条や思想を他人に押し付ける者を激しく嫌悪する。
「サブ主人公」について
プレイヤー選択によるパラメーターやイベントの変化は「主人公」と同じである。また、お約束というか何というか、シナリオが進むにつれ「主人公」と恋愛関係になっていく。ただし、その際に「性別」や「年代」の制限は受けない。・・・・つまり、「男子大学生×女子大学生」というオーソドックスな組み合わせはもとより「男子小学生×女子大学生」という変則的な組み合わせ、さらには「女子大学生×女子小学生」という少々？問題ある組み合わせも「有り」ということになる。
晶護 ハリ（しょうご はり）
平和構築組織「ハルモニア」から望を補佐するために派遣された戦闘工作員。銀髪碧眼が特徴。普段は望の家に派遣された家政婦（夫）を装っている（この設定は「小学生」でも変わらない）。
気がついたら感情と知識と、クリスタルニードルに変身する能力をもって時空戦闘空母「パンドラボックス」で暮らしていたらしい。また、生物学的にはアギトに分類される。
当初は異郷に一人きりという不安もあってか、ドラえもんたちにつっけんどんに接し、望の補佐も「任務だから」ということで行っていた。しかし、望の思慮深さや優しさに触れ、周囲に少しずつ心を開いていった。
ハルモニアマスター
外見年齢30代前半。ハリが属する平和構築組織「ハルモニア」の最高指導者で、パンドラボックスのクルーたちは誰も逆らえない。紫色の肌、紫色の髪、橙色かつ切れ長の瞳といった特異な美貌の持ち主で、白を基調に黒ラインのついたスーツを着用している。
何ゆえ、望を助勢し「カオス」に関連する組織の壊滅を目論むのか、または、「カオス」の盟主であるカオスマスターと酷似した容姿なのかは序盤では不明となっている謎の麗女。
カオスオフィサー・メール
外見年齢20代半ば。人材派遣組織「カオス」のエージェント。灰色の長髪に灰色の瞳の美青年。
カオスマスターの指示のもと、DBS、ギガゾーンといった組織に接触し、戦闘員カオスマーターや戦闘機カオスフライヤーといった戦力を提供してきた。主にフィメールとコンビを組むが、たまに単独で任務を行うこともある。
実直な性格で、カオスマスターから与えられた任務をこなし、褒め言葉を貰うことを悦びとしている。また、早瀬玲二や新座圭介といった見所のありそうな若人が成長して戦いを挑んでくるのを心待ちにしている。
カオスオフィサー・フィメール
外見年齢16歳。人材派遣組織「カオス」のエージェント。灰色の髪を2本の三つあみにした美少女。
任務はメールと同様に怪人組織への接触・援助だが、彼に比べて気分屋の色が濃いため、メールの補佐的な役回りが多い。
表情は明るいが口数は少ない。また、望を気に入ったのか出てくるごとに任務そっちのけでモーションをかけてはハリを苛立たせる。
カオスカーネル
外見年齢30代半ば。人材派遣組織「カオス」の参謀。紺色の髪を短くした美女。
任務はエージェントの派遣計画の立案で、自ら前線に出ることはまずない。
カオスマスター
外見年齢28歳。人材派遣組織「カオス」の盟主。灰色の長髪にということ以外にはハルモニアマスターと瓜二つである。
カオスカーネルの立案した計画をもとに、エージェントを派遣しては戦乱をあおって楽しんでいる。また、「ハルモニア」のメンバー、とりわけハルモニアマスターにはただならぬ憎しみを抱いている。